Любой хороший софт должен нести в себе методологию. Если он её не несёт или она невнятная - это плохой софт. Создатели должны продвигать свою визию использования продукта, а не заботиться о всех сразу.

MS Project имеет в себе методологию как и практически все продукты MS. Basecamp тоже имеет свою методологию, в отличии от многих-и-многих до него - этим и силён.

Вот сейчас наткнулся на отличный пример. Рисуя Organization Chart в Visio (это такая диаграмма, описывающая структуру компании, кто кем руководит) обнаружил, что назначить одному человеку в диаграмме двух начальников - невозможно. Он просто убирает стрелочки нафиг. Стирает, да, без спроса. Умница.

Почему? А потому что это неправильно. Один человек - один начальник. Единоначалие ага.
Хочешь делать неправильно? Пшёл вон.

Плохо, расстраивает пользователей? А ведь это по ходу и заявка на лидерство, на свой путь. Проблема ведь как правило не в том, что способ работы, предлагаемый программой плох, а в том, что никакого способа программа и не предлагает вовсе.
А со способами такая ерунда, что лучше хорошо поставленный и плохой способ, чем возможность пользоваться десятью разными.

iTunes было наплевать с баобаба на то, как именно поколение winamp привыкло сортировать свою музыку. Они вышли со своей концепцией, и всё. Мухи направо, котлеты налево, всё правильно.